有机生产，必须施用有机肥料。最好的、最经济的有机肥料是各种动物粪便、植物秸秆等。但是动物粪便中含有诸多有害因子，必须通过生物菌发酵，充分腐熟净化后方能施用。不同的动物粪便,其所养分各不相同，都难以满足作物需求;再者，不同作物对各种矿质元素的需求量亦不相同，都有各自特有的需肥规律。因此动物粪便发酵时，必须根据粪便自身所含有的各种营养元素多少，掺加适量作物所必需而原料中又不足的钾、钙、镁等矿质肥料，补足养分。让发酵腐熟后的有机肥料中的各种营养元素不但种类齐全，而且含量、比例更为合理，更能满足对应作物的需肥规律。具体方法、步骤如下:
①根据对应作物的需肥规律、计划产量，计算各种大、中量元素的需求量。例如:栽培黄瓜，计划产量 20000 千克。根据黄瓜需肥规律，每生产1000千克黄瓜，大约需吸收氮(N)2.6千克，五氧化二磷(P2Os)0.9千克，氧化钾(K₂O)3.8~5千克，氧化钙(CaO)3~3.2 千克，氧化镁(MgO)0.8千克。
每亩产20000千克黄瓜，共需氮(N)约52千克，五氧化二磷(P2Os)约18千克，氧化钾(K20)约80千克氧化钙(Ca)约60千克，氧化镁(MgO)约16千克。
② 根据肥料利用率，计算所需肥料量。有机肥料，配合生物菌发酸科学施肥，其肥料利用率可提高至70%以上按70%利用率计算，生产20000千克黄瓜，共需氮(N)约742千克，五氧化二磷(P2Os)约257千克，氧化钾(K20)约110千克，氧化钙(CaO)约85.7千克，氧化镁(MgO)约23千克。
③根据粪便的养分含量、施用量，计算有机肥料中各种肥料元素含量。动物粪便的养分含量可以通过化验取得，也可从资料上查找。假如所选用的粪便是鸡粪，其含氮(N)1.63%，五氧化二磷(P2Os)1.54%，氧化钾(K2O)0.85%。1000千克鸡粪共含氮(N)163千克，五氧化二磷(P2Os)15.4千克，氧化钾(K2)8.5千克。若计划每亩施用5000千克腐熟鸡粪，则可施入氮(N)81.5千克，五氧化二磷(P2Os)77 千克，氧化钾(K2O)42.5千克。根据生产20000 千克黄瓜的需肥量，氮已经超了7.3 千克，五氧化二磷超了 51.3 千克，氧化钾缺少 68.5 千克。
④ 用矿物肥料补足所缺肥料元素量，可增施硫酸钾100千克，硅钙钾镁土壤调理剂50千克，以满足作物对钾、钙、镁和各种微量元素的需求。硫酸钾与硅钙钾镁土壤调理剂必须掺混于动物粪便中，再掺加土壤生物菌接种剂1000克，掺加适量水分搅拌均匀，用农膜封闭发酵，充分腐熟后施用。
生物菌中含有固氮菌，可直接从空气中吸取氮素;含有解磷菌，可释放土壤中已经被固化的磷元素，在释放磷元素的同时，也释放了被磷素固化的钙、镁、铁、锌、锰、铜等矿质元素。因此，这些肥料元素亦可减少施用或不必施用。发酵一般需 25 天左右，15 天后搅拌1次，再次封闭，继续发酵 7~10天即可。掺水量以不向外流水为度。
