大部分新特蔬菜都可以自留种子，并通过种子繁殖。少部分新特蔬菜，例如富贵菜、紫背菜、水芹菜等，由于很少结籽或不结籽，一般就采取分株或扦插等方式繁殖。家庭少量种植时，自留种子就完全能满足种植需要，可减少购买费用。并且对于自己特别喜欢的品种，自留种子可以更好地保留蔬菜的优良特性。
不论是哪类新特蔬菜，留种株一定要选择特征明显、健康粗壮、无病虫害的植株。所谓特征明显，要结合具体的品种特性，例如红菜薹，要选取茎叶红色鲜艳的明显的;泡泡青要选择叶色浓绿，叶片凸起又多又明显的，这样才能不断强化品种特性，维持新特蔬菜的“新”与“特”。
如果您的菜园中种植了多个同类的品种，尤其是十字花科的植物，要特别注意“杂交”(俗称“串种”)的问题，例如红菜薹、白菜薹、菜心、芥蓝等，就很容易自然杂交。胭脂萝卜和普通白萝卜也容易杂交，导致种子品种不纯。为了避免杂交，最好在开花前，将留种植株用细眼纱网(废旧蚊帐)隔离开来，阻隔昆虫媒介的授粉。
瓜果类的蔬菜，要尽量选择靠近植物底部(具有结果早的优良基因)，粗壮饱满的果实作为留种对象，茄果类蔬菜则要选择中部(中部果实大而饱满)的果实作为留种对象。所有留种果实都要完全成熟才能采摘，例如五彩番茄、观赏辣椒要等完全变色，白马王子黄瓜、蛇形丝瓜要等完全发黄，各类苦瓜要待发红开裂，才能取出种子。
种子取出后需及时清洗、晾干，筛选出粒大饱满新鲜的种子，然后妥善贮藏于阴凉干燥透气的地方，等待来年种植。塑封袋虽然使用方便，但不适宜长期存放种子，因为密不透气会导致种子霉烂，造成浪费。布袋、纸袋、塑料瓶(需留缝透气)等，都可以用来放置种子。用报纸包好，并写上名称存放，也是不错的选择。
